1848 körül egy aradi fiatalember érkezett Pest-Budára, hogy Sztupa György Széna-téri gyógyszertárában gyakornokoskodjon. Rokonok voltak, így már ismerték egymást Aradról, ahol Sztupa első, saját gyógyszertárát az 1840-es évek kezdetén nyitotta meg. A fiatalember nem volt más, mint Nikolits Sándor, Doppler Ferenc egyik legfontosabb tanítványa, a magyar zenetörténet kiemelkedő alakja, a Zeneakadémia első tanári karának későbbi tagja.
Nikolits Sándor már gyakorolta a fuvolát, amikor Pest-Budára érkezett. Gyógyszerész mentora, a román származású Sztupa György, aki Nikolits sógora volt, 1848-ben nemzetőrnek állt, nemzetőr kapitány lett, és Nikolits is követte őt. Schwechat felé menet Pozsony előtt Nikolits megbetegedett, így vissza kellett térnie Pestre.
A magyar fuvolázás hagyománya úgy tartja, hogy fuvolázását Doppler Ferencnél fejlesztette. Tizenhat évesen már a Nemzeti Színház zenekarának tagja volt, 1855-től, huszonegy évesen pedig a bécsi Carl-Theater első fuvolási posztját tölthette be. A császárvárosban annál a Simon Sechternél tanult zeneszerzést, aki Anton Bruckner tanára volt.
Nikolits Sándor 1858-ban visszatért hazájába és utóbb Sztupa György húgát, Emíliát vette feleségül. Ebben az időszakban vidéki magyar operatársulatoknál dolgozott mint karmester, sikeres tevékenységet folytatott Aradon, Temesváron, Szegeden, Szabadkán és más nagyobb városokban, de fuvolaművészként is fellépett.
1865-ben visszatért Pest-Budára, ahol ismét a Nemzeti Színház zenekarában fuvolázott, de ekkor már elsőfuvolási pozícióban, valamint ekkor lett a Nemzeti Zenede fuvolatanára. Nikolits Sándor szólistaként is tevékenykedett és kvalitásait jól jelzi, hogy olyan virtuóz kompozíciókat szólaltatott meg, mint Giulio Briccialdi olasz fuvolaművész művei, de játszotta Johann Sebastian Bach alkotásait is. Ez utóbbi ritkaságszámba ment abban az időben a fuvolások részéről.
Az 1870-es évek közepére Nikolits kétségkívül a zenei élet egyik legnagyobb tekintélyű, megkerülhetetlen személyiségévé vált. 1875-ben az akkor induló Zeneakadémia első tanári karának tagja lett, de nem fuvolaprofesszori minőségben, hanem zeneszerzéstanárként, mivel ekkor még nem kezdődött meg a fafúvós hangszerek oktatása az intézményben. 1884-től pedig az Operaház zenekarában elfoglalta az első fuvolási posztot, emellett 1884 és 1886 között a zenereferensi pozíciót is ő töltötte be ugyanitt.
Nikolits Sándor pályájának következő fordulópontja 1888-ban következett be, amikor a 28 éves dirigens, a zeneszerző-géniusz, Gustav Mahler szerződött az Operaházhoz. Ekkor Nikolits szinte azonnal lemondott zeneintendánsi állásáról, valamint az opera együttesét is elhagyta. 1889-ben a Nemzeti Zenedéből is nyugdíjazták, de ugyanebben az évben Káldy Gyula és Major J. Gyula társaságában megalapította a Magyar Zeneiskolát, amelynek első igazgatója és fuvolatanára lett.
Nikolits Sándor nem sokáig élvezhette új hivatását, mert a kilencvenes évek elejétől szívbetegség nehezítette meg életét. 1895-ben bekövetkezett haláláról számos gyászjelentés találhatunk, amelyben gazdag pályaívét méltatják. A művész-tanár évtizedekig a magyar zenei élet meghatározó alakja volt, nemcsak mint Doppler-tanítvány, de hosszabb ideig volt a Filharmóniai Társaság alelnöke, valamint fuvolaművészként, zeneszerzéstanárként is méltó életművet hagyott hátra.
